Existen muchas dudas acerca del funcionamiento de un banco de semen. Una de las más frecuentes es la selección del donante o «matching» con la receptora.

En otros países como los Estados Unidos existen libros dónde aparecen fotografías de los donantes cuando los mismos eran niños. Entonces las personas interesadas pueden elegir en función a esas imágenes. En Argentina la asignación se realiza en base a las características fenotípicas tanto del donante como de la receptora y/o la familia de esta última. Las características fenotípicas son los rasgos físicos (color de piel, color de cabello, color de ojos, estatura, etc). También se pueden conocer datos básicos como la edad del donante y grupo sanguíneo, pero no existen «álbumes de fotos».

Otra pregunta frecuente es quiénes pueden/deben recurrir a un banco de semen. En líneas generales las personas que recurren a un banco de semen son parejas heterosexuales en donde el varón por algún motivo es incapaz de aportar su gameta masculina, parejas homosexuales de mujeres o mujeres que desean formar una familia homoparental.

Por otro lado un interrogante habitual es si resulta conveniente buscar al donante en un banco del exterior o es mejor recurrir a un banco de semen del país donde uno pertenece. Se aconseja elegir la última opción por los siguientes motivos. Antes de que el donante entre al programa de donación es sometido a una serie de estudios. Entre estos estudios se encuentran los análisis genéticos. Cada población en base a su raza, etnia y características demográficas es más susceptible a distintas enfermedades de origen genético. Por lo tanto, no son las mismas enfermedades las que se estudian en todas las regiones del planeta. Si se elige un banco de semen «local» es más probable que los donantes sean estudiados para las enfermedades que prevalecen en su región.

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